Se han producido unos choques entre la forma óptima de utilizar la etiqueta para eliminar el contenido duplicado por parte de los buscadores entre Matt Cutts(Google) y Duanne Forrester (Bing). Al parecer su uso no está siendo el óptimo pensado y su lucha por reducir el contenido duplicado no está aportando los resultados experados.
Esta etiqueta fue pensada en un inicio para poder redirigir a las arañas de los buscadores desde aquellas páginas que duplican parte de nuestro contenido, como por ejemplo productos en oferta a partir de una URL distinta a su dirección final si navegamos a través de su categoría etc. o nuestras páginas sin la redirección canónica hacia su forma canónica si no se realiza desde el servidor. Pasar de dominio.com a www.dominio.com con esta etiqueta.
EL mal uso de esta etiqueta, por ejemplo al colocarla como rel=canonical hacia la Home en todas las páginas internas, sin controlar la url a la que se apunta, se traduce en indicar al buscador que solo tenemos un documento en nuestro site, es decir, todas las peticiones se redirigen a la Home produciendo la perdida en los índices de los documentos restantes.